[QGIS 2.x] Génération d'atlas

Bonjour à vous,
J'ai régulièrement à faire des cartes de distribution d'espèces, qu'il faut actualiser une à deux fois par an.
Selon les demandes, les lots traités peuvent comprendre plus de 500 cartes. L'emprise des cartes d'un même lot est inchangée pour l'ensemble du lot.
Jusqu'à présent, je travaillais sur R, qui me permettait de générer mon lot complet en quelques clics, ce qui est bien pratique. Maintenant que QGIS est doté d'un générateur d'atlas, je voudrais créer mes cartes via QGIS.
Après quelques recherches, j'ai trouvé quelques tutos expliquant la marche à suivre. J'ai bien chargé mes couches pour le fond, anisi que ma couche de points. D'abord dans un format *.txt, puis dans une couche *.shp.
Dans le composeur de cartes, j'ai sélectionné ma couche de points comme étant la "couche de couverture".
Mon problème est que je n'arrive pas à trouver les réglages à apporter pour que le générateur d'atlas me génère une carte par espèce. Lorsque que lance l'aperçu de l'atlas, il me propose autant de cartes que de données... et quand je les visualise, aucun point n'apparait !
Pourriez-vous m'expliquer la marche à suivre pour arriver à avoir une carte par espèce SVP ?
D'avance, merci beaucoup,
Mat'